O Conselho de Gestão é o órgão responsável pela coordenação das diversas atividades da Universidade CESPU, assegurando a sua articulação, continuidade e eficiência, em alinhamento com os objetivos estratégicos da instituição.
O Conselho Científico é o órgão responsável pela definição e orientação da política científica da Universidade CESPU, nos domínios do ensino, da investigação e da extensão cultural, contribuindo para o desenvolvimento e afirmação da instituição.
O Conselho Pedagógico é o órgão responsável por analisar e apreciar as orientações, métodos, atos e resultados das atividades de ensino e aprendizagem, contribuindo para assegurar o bom funcionamento e a qualidade dos cursos ministrados na Universidade CESPU.