A Direção da CESPU implementou uma estruturação organizacional, onde reteve como principais objetivos a necessidade de definir, de uma forma inequívoca, as competências de cada unidade funcional e regular procedimentos integrados numa política de gestão da qualidade, assente numa fluidez de informação. A tipologia adotada para os diferentes núcleos de trabalho é definida, da seguinte forma:

DEPARTAMENTO – Conjunto de Serviços, com atividades complementares, em área de grande abrangência institucional, podendo ser agrupados ou não em Serviços;

Serviço – Unidade funcional especializada, e que deve funcionar de forma integrada no departamento em que se insere, é constituído por elementos especializados, contribuindo para cumprimento dos objetivos definidos;

GABINETE – Pequena unidade funcional, podendo ser constituído por um só elemento, e cujo objetivo principal é desenvolver atividades especializadas em regime de apoio, em rede com a direção da cooperativa, outras unidades funcionais, estabelecimentos de ensino, e eventualmente empresas participadas.  

Os Departamentos e Gabinetes que constituem a CESPU prestam de modo integrado e coerente, com flexibilidade de atuação, agilidade e capacidade de ajustamento, serviços de natureza institucional do Grupo CESPU, através de métodos comuns de partilha de recursos, dados e de gestão por processos.